MSC存在于多种组织中，1991年Caplan把骨髓中能黏附于塑料培养板表面，在体外高度扩增、并可多向分化的细胞群命名为MSC。

MSC属于成体多能干细胞的一种，起源于中胚层，最初从骨髓中分离出，但后来发现存在于多种组织中例如骨骼肌，脂肪组织、骨髓、脐带、脐血、乳牙组织、羊膜、胎盘等。MSC是具有自我更新和多向分化潜能的成体干细胞，具有分化成骨骼肌，软骨组织，骨髓和脂肪等由中胚层分化而来的组织器官组织的能力，但同时也发现间充质干细胞也可能分化肝细胞，神经细胞以及上皮细胞等非中胚层分化的组织。